Der Hochaltar von 1728 beeindruckt durch seine mächtige, den gesamten Chorschluss in Höhe und Breite einnehmende Anlage. Wie die übrige Ausstattung ist auch er ein Gemeinschaftswerk lokaler Meister. Den Aufbau fertigte der Geiselhöringer Schreiner Thomas Lehner. Auf jeder Seite flankieren drei im Dreieck angeordnete Säulen, die vorderen mit gedrehten Schäften, die Altarbilder. Den oberen Abschluss bildet ein Segmentbogen. Besonders auffällig sind die variierenden Furniermuster aus Nuss-, Kirsch- und Birnbaumholz. Das Hochaltarbild zeigt die Himmelfahrt Mariens. Heiliggeisttaube und Christus erfahren durch die Darstellung von Gottvater im Auszugsbild die Ergänzung zur Heiligen Dreifaltigkeit.
Die Bilder stammen von dem Straubinger Maler Joseph Anton Merz und wurden 1728 geliefert. Joseph Anton Merz, schwäbisch-bayerischer Maler des Barocks und frühen Rokokos, war der wichtigste ostbayerische Kirchenmaler seiner Zeit und starb 1750 in Straubing.
In Bayern gibt es nicht sehr viele furnierte Altarausstattungen. Insofern stellt Haindling eine Besonderheit dar, weit hinaus über die Grenze der Diözese. Das Besondere sei die Gesamtwirkung, die wiederum aus dem Detail entsteht. Ganz wunderbare Furniertechniken wurden kombiniert zu einem großen Ganzen.
Zwischen den äußeren Säulenpaaren stehen lebensgroße, in Weiß und Gold gefasste Figuren der Eltern Mariens, Joachim und Anna, die der Bildhauer Simon Hofer aus Geiselhöring schuf.
Eine Kostbarkeit, die zu dieser Kirche gehört, ist ein 30 cm hohes, silbernes Reliquienkreuz, in dem ein Partikel vom Kreuz Christi verwahrt wird. Der Regensburger Weihbischof Albrecht Ernst Graf von Wartenberg, der 1714 die Johanneskirche in Hainsbach einweihte, hatte es dem Wallfahrtsort Haindling verehrt.
Linkes Bild an der Wand: „Sieben-Schmerzen-Madonna.“ Jedes Schwert steht für einen Schmerz, den Maria als die Mutter Gottes zu durchleiden hatte.
Rechtes Bild an der Wand: Leinwandgemälde aus dem 19. Jahrhundert. „Rosenkranzmadonna“. Der Maler ist unbekannt. Darstellung der Muttergottes auf der Mondsichel, das Jesuskind in ihren Händen auf der Weltkugel stehend. Umringt von Rosenkranzmedaillons im gemalten, gotischen Maßwerkrahmen.
Vor dem Hochaltar befindet sich ein schlichter Volksaltar zur Feier des Gottesdienstes, der gemäß dem Erlass des 2. Vatikanischen Konzils (1962-65) den direkten Blickkontakt zwischen Priester und Gläubigen während der Messe ermöglicht.
Das aufwendige Rokokospalier im Chor, das mit Baldachinen, Vorhangdraperien, Kartuschen mit bayerischen Rautenfeldern, Hermen, Putti und anderem figürlichem Schmuck die Oratorien umrahmt, fertigte Thomas Wagner aus Geiselhöring 1762.
Das Chorgestühl mit 10 Plätzen stammt aus der 1. Hälfte des 17. Jahrhunderts und diente einst den Benediktinern zum Gebet. Es besteht aus je fünf, aus unterschiedlichen Hölzern zusammengesetzten Stallen, die durch Pilaster unterteilt sind.